สำนักงานสาธารณสุขอำเภออาจสามารถ  มีการจัดโครงสร้างและแบ่งกลุ่มงาน  (ตามมติคณะอนุกรรมการสามัญ  (อ.ก.พ.)  สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข)  ประกอบด้วย  3  กลุ่มงาน  คือ  1. กลุ่มงานบริหารงานทั่วไป, 2. กลุ่มงานพัฒนาวิชาการและคุณภาพบริการ  และ  3. กลุ่มงานส่งเสริมสุขภาพและป้องกันโรค  ดังนี้

กลุ่มงานบริหารงานทั่วไป รับผิดชอบงานเกี่ยวกับ งานบริหารทั่วไป, งานตรวจสอบและควบคุมภายใน, งานส่งเสริมคุณธรรมและจริยธรรม, งานคุ้มครองผู้บริโภคด้านสุขภาพ, งานประสานงานองค์กรภายนอก, งานนิติการ, งานนโยบายเร่งด่วน, งานประกันสุขภาพ, งานประกอบโรคศิลปะ และงานกำกับดูแลหน่วยบริการในสังกัด 

กลุ่มงานพัฒนาวิชาการและคุณภาพบริการ  รับผิดชอบงานเกี่ยวกับ งานพัฒนายุทธศาสตร์สาธารณสุข, งานข้อมูลข่าวสารและสารสนเทศ, งานนิเทศและติดตามประเมินผล, งานวิจัยและนวัตกรรมด้านสุขภาพ, งานนโยบายเร่งด่วน, งานจัดทำคู่มือปฏิบัติงานและฝึกอบรม, งานเผยแพร่ผลงานวิชาการ, งานควบคุมมาตรฐานหน่วยบริการ, งานสนับสนุนสุขภาพภาคประชาชน, งานสุขศึกษาและประชาสัมพันธ์, งานอุบัติเหตุและภัยพิบัติ, งานสนับสนุนและพัฒนาคุณภาพบริการ, งานสนับสนุนหน่วยบริการปฐมภูมิ, งานสนับสนุนหน่วยแพทย์ พอสว., งานพัฒนาบุคลากร, งานบริการสาธารณสุขเฉพาะด้าน และการปฏิบัติงานร่วมกับหน่วยงานอื่นๆ 

กลุ่มงานส่งเสริมสุขภาพและป้องกันโรค รับผิดชอบงานเกี่ยวกับ งานส่งเสริมสุขภาพ (อนามัยแม่และเด็ก, วางแผนครอบครัว, โภชนาการ และอนามัยโรงเรียน), งานควบคุมโรคติดต่อ, งานควบคุมและป้องกันโรคไม่ติดต่อ, งานสุขาภิบาลและอนามัยสิ่งแวดล้อม, งานอาชีวอนามัย, งานทันตสาธารณสุข, งานสุขภาพจิตและยาเสพติด, งานการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก, งานควบคุมเฝ้าระวังโรคอุบัติใหม่อุบัติซ้ำ, งานระบาดวิทายา และงานกฎหมายสาธารณสุข

โครงสร้างการบริหารราชการ